כשחלפו זמני הפגאניות, כשהנצרות הפסיקה להיות נרדף והוכרה כדת עולמית, נראה היה שצריך לפתור את כל ההבדלים. אבל לפעמים רק מועצות אקומניות יכלו לפתור סכסוכים מתעוררים, להפריך תורות כפירה - לא היה שלום אפילו בתוך הכנסייה.
המועצה האקומנית הראשונה הייתה מועצת ניקאה, שהתכנסה בשנת 325. הסיבה לכך הייתה הוראתו הנרחבת של המנהיג האלכסנדרוני אריוס. המהות שלו הייתה להכחיש את הזהות בין אלוהים האב לאלוהים הבן. הוא טען שישוע המשיח נוצר על ידי האדון, אך אינו התגלמותו. רעיון כזה הפריך ביסודו את כל הדוגמות של הנצרות, ולכן בתחילה נדחתה הוראת אריוס על ידי המועצה המקומית. עם זאת, המנהיג הגאה סירב להכיר בהחלטת המועצה כלגיטימית והמשיך לנצח את המאמינים.
ואז הזמין הקיסר קונסטנטינוס בישופים מכל העולם למועצה האקומנית בעיר הקטנה ניקאה (שנקראת כיום איזניק וממוקמת בשטחה של טורקיה המודרנית). חלק מנציגי הכנסייה הנוכחים נשאו עקבות של עינויים על גופם,התקבל בשם הנצרות האמיתית. נכחו גם בישופים שתומכים באריוס.
הוויכוח נמשך יותר מחודשיים. בתקופה זו היו דיונים רבים, נאומים של פילוסופים, הבהרות של ניסוחים תיאולוגיים. כפי שמספרת האגדה, גילויו של נס אלוהי שם קץ לריב. כאחדות של שלושה עקרונות, הוא נתן דוגמה לרסיס חימר: מים, אש, חימר נותנים שלם אחד. כמו כן, השילוש הקדוש הוא בעצם אלוהים אחד. לאחר נאומו הופיעה אש מהרסיס, הופיעו מים ונוצר חימר. לאחר נס שכזה, מועצת ניקנה דחתה לבסוף את תורת השקר של אריוס, מנודה אותו מהכנסייה, אישרה את האמונה וקבעה 20 כללי משמעת בכנסייה, קבעה את התאריך לחגיגת חג הפסחא.
אבל מועצת הכנסייה הזו לא שמה קץ לנושא הזה. המחלוקת נמשכה זמן רב מאוד. גם עכשיו ההדים שלהם עדיין נשמעים - האריאניות היוותה את הבסיס לתורתם של עדי יהוה.
בנוסף למועצה של 325, הייתה גם המועצה השנייה של ניקאה, שכונסה על ידי הקיסרית איירין מקונסטנטינופול ב-787. מטרתו הייתה לבטל את האיקונוקלאזם שהיה קיים באותה תקופה. למעשה, הקיסרית עשתה שני ניסיונות לכנס מועצה אקומנית. אבל בשנת 786, השומרים התומכים באיקונוקלסטים פרצו למקדש השליחים הקדושים בקונסטנטינופול, שם החלה המועצה לעבוד. האבות הקדושים נאלצו להתפזר.
לאחר שנקטה תחבולות ניכרות, פירוק השומר הישן, גיוס חיילים חדשים, אירינה בכל זאת כינסה את הקתדרלה ב787, אך העביר אותו מקונסטנטינופול לניקאה. עבודתו נמשכה חודש, בעקבות תוצאותיה, הוחזר הערצת האיקונות, הם הורשו בכנסיות.
עם זאת, אפילו המועצה הזו של ניקאה לא הצליחה להשיג את מטרתה במלואה. איקונוקלאזם המשיך להתקיים. תנועת האיקונוקלסט הובסה לבסוף רק בשנת 843, במועצת קונסטנטינופול.