במדע הגיאוגרפיה יש מושג ברור איך המפרץ שונה מהים. אם בראשון אין מאפיינים משמעותיים משאר האוקיינוס, אז בים, אפילו פתוחים, יש משטר משלו של חילופי הידרו, חי וצומח מיוחדים. במובן זה, מפרץ בנגל נעלב שלא בצדק. אחרי הכל, לא מדובר רק בהמוני מים אוקיינוסים שהתרחקו לעבר היבשת (כמו למשל במפרץ ביסקאיה מול חופי ספרד), אלא בים פתוח של ממש. עם זאת, במזרח, למפרץ יש ים פנימי משלו - האנדמן, המוגן מאזורי מים אחרים על ידי שרשרת איים באותו השם.
מפרץ בנגל ידוע לאנשים כבר זמן רב. עוד לפני עידן הגילויים, מרחבי המים הללו נחרשו על ידי הסינים, ההודים, הפרסים והמלזים. מאז המאה ה-7, שולטים הערבים באופן אינטנסיבי באזור המים. באמצעות מכשירי ניווט כגון אסטרולב ומצפן, הםעבר מהמפרץ הפרסי רחוק מזרחה, והגיע לחוף הודו. בתחילת המאה ה-15 הופיעו ספינות אירופיות בקווי הרוחב הללו. עולים חדשים בצפון תרמו לחקר המאפיינים הגיאוגרפיים והאקלימיים של הים המקומיים, בפרט, הם גילו ותיארו את ההשפעה על האקלים במפרץ של רוחות סחר חזקות הנוצרות משני צדי קו המשווה.
למפרץ בנגל אין גבול דרומי מובהק. במערב, הקורדון שלו הוא הינדוסטאן וסרי לנקה, ובמזרח - חצי האי הודו. העומק הממוצע של הים הפתוח העצום הזה הוא יותר מאלפיים וחצי מטרים, אבל התנודות בעומק הן הטרוגניות מאוד. בצפון, הודות לנהרות האדירים ברהמאפוטרה, גנגס, פנארה, קרישנה, גודוברי ומחנהדי, הקרקעית עולה. עורקי מים נושאים לים הרבה משקעים וסחף, היוצרים את המדף היבשתי. לכן, בחלקו הצפוני של המפרץ, מליחות המים נמוכה יותר מאשר בחלק הדרומי - 30 עמודים לדקה מול 34. אם מסתכלים על אזור המים מגובה, ניכר גם ההבדל בעכירות המים.
מפרץ בנגל ממוקם באזור ההשפעה של האקלים המשווני הלח. העונות כאן מעוצבות על ידי המונסונים. בדרום נוצר בחורף זרם רוח סחר עוצמתי שהופך בצפון למונסון. התנודות היומיות הגדולות ביותר במפלס המים נרשמות כאן - גאות ושפל לפעמים לוקחת את הים ב-11 מטרים. בחודשים נובמבר ודצמבר נוצרים ציקלונים טרופיים רבי עוצמה מעל חלקו המשווני של המפרץ, התוקפים את החופים, גורמים נזק משמעותי וגורמים לאובדן חיים.ככל שהחוף נמוך יותר, כך גדל הנזק שנגרם על ידי פגעי מזג האוויר. אז, בבירת בנגלדש, דאקה, שמתנשאת רק שמונה מטרים מעל פני הים, מי מונסון מציפים את הרחובות עד המותניים.
ניתן לייחס את תיאור האוקיינוס ההודי, במיוחד החי והצומח שלו, לצומח ובעלי החיים של מפרץ בנגל. המים החמים תמיד מאוכלסים במושבות אלמוגים, במיוחד השוניות ליד איי אנדמן וניקובר וסרי לנקה. מגוון רחב של דגים, מדוזות, סרטנים ורכיכות נמצא כאן. נפוצים מאוד הם דגיגונים (קרני מנטה) וכרישים - אלמוגים, נמר, לבן. חלק מהטורפים הללו חודרים הרחק במעלה הנהרות, ותוקפים אנשים. מבין היונקים, כמה מינים של דולפינים, לווייתנים בולניים, כמו גם סופת רעמים של האוקיינוס ההודי - ניתן לציין לווייתנים קטלניים.
